トウヨシノボリは頬や体側に目立つ模様がなく、特にオスの尾鰭付け根がオレンジ色になるのが特徴です。中流から下流の流れのある川底に見られますが、農業用溜池や水路など流れのない環境にいることもあります。実はヨシノボリ類の分類は複雑で混乱しており、特にトウヨシノボリは謎が多くよくわかっていません。そのため流水のトウヨシノボリと止水のトウヨシノボリは別の種類の可能性もあります。菊池川流域でも「トウヨシノボリ」は広くみられますが、分類学的にどういう位置づけにあるのかはよくわかっていません。
なお、ヨシノボリ類は腹ビレが変化してできた吸盤を持っており、その吸盤で川底の石にへばりつき、急流にも耐えます。「吸盤を使って葦の枝を登る」ことからヨシノボリの語源がありますが、そのような個体を著者（K&O）は見たことはありません。
また、菊池川流域の上流域には、カワヨシノボリという別のヨシノボリが生息する可能性があります。しかし今のところ発見されていません。トウヨシノボリの胸鰭の条数は通常20本をこえますが、カワヨシノボリでは通常17本以下なので、ここを確認すれば区別できます。
