体がコイに似ていることからニゴイという名前ですが、顔はとがり、背鰭は短く、よく見るとあまり似ていません。また、細長いことからキツネゴイと呼ぶ地域もあります。比較的大型の種類で全長60cmを超えることもあります。成魚には目立つ模様はありませんが、幼魚には特徴的な斑点模様が見られます。
本種は筑後川では上流から下流に向かって産卵のための回遊を行うことが知られています。下流で生まれた稚魚は水路や支流に入って成長しながら、本流の上流へと戻っていくようです。ただし菊池川流域でも同様かはわかりません。また、最近になって近縁種のコウライニゴイが九州にも分布することがわかりました。菊池川流域でもコウライニゴイの遺伝子をもった個体が確認されていますが、分類学的にニゴイとすべきかどうかは結論が出ていません。実は謎の多い魚です。
コイに似ているので食べられるのかということが気になりますが、琵琶湖以外ではあまり食されていないようです。
