ニホンイシガメは日本の里山を象徴する大切な種です。甲羅は黄色みがかかり、後ろの縁がギザギザしているのが特徴です。川やため池に生息しますが、陸上もかなり移動するようです。
近年、全国的に生息環境の変化や特定外来生物であるアライグマの影響を受けて数が減っています。特にここ10年ほどは、九州北部では各地で絶滅しているようです。例えば、福岡県福岡市西区にある九州大学の生物多様性ゾーンにはかつて50～100個体ほどのニホンイシガメが生息していましたが、現在は絶滅しました。このように、ニホンイシガメは、今後、なんとしても保全していかなければいけない淡水生物の一つでしょう。菊池川流域でも生息情報はありますが、かなり減っているものと思われ、調査が必要です。
別名ゼニガメとも呼ばれますが、これは幼い個体が「銭のように丸くて小さな亀」であることに由来します。
ニホンイシガメはクサガメ（玉名～菊池川水系にも分布）とよく似ていますが、顔の模様や、後者は甲羅に縦に走る三本の隆起があることから区別されます。また、この二種からは「ウンキュウ」と呼ばれる雑種が生まれることがよくあります。
クサガメの在来性については長い間議論がされてきましたが、近年、おそらく大陸から人が持ち込んだ外来種であろうとの結論が出ました。ウンキュウのような雑種が容易に形成されるのも、もしかしたら在来でないためであるかもしれません。ただし九州北部や対馬の個体群についてはまだ詳しく調べられておらず、ひょっとすると在来のクサガメもいるかもしれません。
